Najviše tijelo Asocijacije je Generalna Skupština koja se sastoji se od formalnih predstavnika svih Vijeća učenika srednjih škola Bosne i Hercegovine (jedan predstavnik po svakoj srednjoj školi).
Svake godine delegati Generalne Skupštine, tajnim glasanjem, biraju predsjednika Asocijacije, dok se svako dvije godine bira Upravni odbor.
Upravni Odbor je izvršni organ koji zajedno sa predsjednikom Asocijacije broji deset članova.
Predsjednik Asocijacije vodi sve aktivnosti organizacije i službeno predstavlja Asocijaciju u javnosti.